Przyjmuje się, że Biblioteka zawiera 60880 książek współczesnych i ok. 6650 woluminów rękopisów, inkunabułów i starodruków z XVI-XVIII w. Jest to kolekcja bardzo zróżnicowana.
Rękopisy
Z kolekcji zachowanych najstarszych rękopisów Biblioteki wymieńmy prawniczy rękopis z XIV w. Mikołaja Würda Die Blume über den Sachsenspiegel, z 1399 r., tzw. Rechtsbuch. Księga jest wyciągiem z Sachsenspiegel (Zwierciadła Saskiego), zwyczajowego spisu prawa z terenu Saksonii z I poł. XIII w., opracowanego przez ławnika sądowego Eike von Repkowa. Zwierciadło rozpowszechniło się także na ziemiach polskich i było używane w miastach, zwłaszcza na prawie magdeburskim, obok Weichbildu saskiego.
Natomiast orientalny rękopis tzw. karaimski, pochodzący z Grodna, z XVII w., stanowi rzadki przykład zabytku w języku karaimskim, należącego do północno-zachodniej części języków tureckich. Najstarsza karaimska literatura pisana to utwory o treści religijnej, w tym przekłady z Biblii, hymny i pieśni religijne.
Wiele z rękopisów bibliotecznych z XVII-XIX w. to wypisy z poczytnych autorów religijnych, służących pogłębianiu duchowości franciszkańskiej zakonników.
Inkunabuły
Biblioteka posiada także dość pokaźny zbiór inkunabułów. Spośród ok. 300 inkunabułów, stanowiących najstarszą część kolekcji starodruków Biblioteki franciszkańskiej w Krakowie, wymieńmy przede wszystkim unikat wykazywany przez specjalistyczne bibliografie inkunabułów, w Polsce jedynie tu, tj. o Graduale Romanum, P. II. Ed. Franciscus de Brugis, Venezia, Ioannes Emericus de Spira pro Lucantonio Giunta, 1499, 2°. Autor Graduale był Franciszkaninem i teoretykiem muzyki. Ta księga chorału gregoriańskiego zawiera śpiewy własne i wspólne o świętych, śpiewy za zmarłych, na wspomnienia Matki Bożej, Kyriale i sekwencjarz. Zapis muzyczny, drukowany czerwono-czarno, ozdobiony został dużymi, kolorowanymi ręcznie drzeworytami figuralnymi.
Sławne Liber chronicarum, (Lat.) Hartmanna Schedela, Nürnberg, Anton Koberger, 1493, 2°, zwane także potocznie Kroniką Świata Schedela, także doskonale wpisuje się w tę grupę najcenniejszych druków biblioteki.
W tej grupie wspomnijmy również dzieła takich autorów jak: Ioannes de Turrecremata, Expositio in Psalterium, Mainz, Peter Schöffer, 1478, 2°; Ioannes de Aquila, Sermones quadragesimales, cum additionibus Danielis Vincentini, Ed. Benedictus Brixianus, [Brescia], Angelus Britannicus, 1497, 8°; Guillelmus Peraldus, Summa de virtutibus et vitiis. P. II, Köln, Henricus Quentell, 1479, 2°; Ioannes Herolt, Sermones Discipuli de tempore et de sanctis cum Promptuario exemplorum et de Beata Virgine, Basel, Nicolaus Kessler, 1486, 2°; Richardus de Sancto Victore; De arca mystica. De duodecim patriarchis, [Basel, Ioannes Amerbach], 1494, 8°.
Są to głównie woluminy oprawne w deski oblicowane skórą, zdobione bogatymi tłoczeniami, metalowymi guzami i zapinkami. Obleczenia opraw to skóry garbowane roślinnie oraz skóry białe (garbowane glinowo). Te pierwsze druki posiadają jeszcze ręcznie malowane zdobienia występujące wcześniej w rękopisach: rubrykowania, ozdobne inicjały, zdobienia kart w formie malowanych roślinnych ornamentów. Szczególną pozycję zajmują tu miniatury ilustrujące tekst druki. Przykładek może być tu miniatura z inkunabułu o nr inw. 101. Inną formą dekoracji inkunabułów były drzeworyty. Szczególną pozycję zajmuje tu wspomniana Kronika Świata Hertmanna Schedela, która zawiera aż 96 drzeworytów.
Starodruki
Biblioteka posiada ponad 6000 starodruków. Oprawy tych książek również oblicowane są skórą, z bogatymi tłoczeniami i złoceniami. Jako okładziny obok desek częściej występują tu tekstury, zapinki zastępowane są w nich wiązaniami. Znaczną część tej kolekcji stanowią starodruki oprawne w pergamin oblicowany na tekturowych okładzinach. Szczególną grupą są tu oprawy wykonane z wcześniejszych rękopisów pergaminowych. Stanowią one ciekawy przykład introligatorskiego recyklingu. Kolejna grupa opraw to woluminy oprawne w półskórek oraz papier marmurkowy.
Zbiory muzyczne
Franciszkanie Konwentualni odznaczyli się także w muzyce. Na śpiew kościelny zwykły i na głosy kładziono w czasie nauki nowicjuszy wielką wagę. I być może nie wykraczałoby to poza uprawianie śpiewu i muzyki, służących do uświetnienia służby Bożej, spotykanych także w innych zakonach, gdyby nie fakt, że Franciszkanie nie poprzestając na tym zaznaczyli się twórczo w muzyce, i we Włoszch w XVI i XVII w. stworzyli własną muzyczną szkołę wenecką.
Niezwykłym, a zarazem najstarszym zabytkiem rękopiśmiennym, przechowywanym w Archiwum Prowincjalnym jest niedawno odkryta karta z rękopisu na pergaminie z oficjum na Uroczystość Zesłania Ducha Świętego. Tekst muzyczny, jak i literacki jest typowy dla Włoch środkowych z przełomu XI/XII w. Odkrycie tej karty wzbudziło wielkie poruszenie wśród badaczy muzyki dawnej, zajmujących się zwłaszcza chorałem gregoriańskim.
Nie sposób tu nie wspomnieć także o późniejszym rękopiśmiennym fragmencie antyfonarza z XIV/XV w., składającym się z kilkunastu kart pergaminowych z gregoriańskim zapisem muzycznym. Zawiera on oficjum o Najświętszej Maryi Pannie oraz oficjum za zmarłych. Wstępna analiza zapisu muzycznego i literackiego wskazuje na XIV lub XV w. pochodzenie tego rękopisu.
Bez wątpienia bardzo cennym zabytkiem muzycznym jest także antyfonarz franciszkański z 1743 r., zatytułowany: Enchiridium Chorale Gregoriano Cantu Modulatum; Ad usum Ecclesiarum Ordinis Sancti Francisci Conventualium, In Unum Collecta Tenens Officia, Missas…, Venetiis, Typographia Balleoniana, 1743, 2°. Został skomponowany przez Franciszkanina Antonio Azzoguidi, i jest efektem reformy liturgicznej w Zakonie Braci Mniejszych Konwentualnych z 1743 r. Zawiera oficja i części Mszy św. o świętych franciszkańskich. Co ciekawe, antyfonarz we fragmencie Ad Cantores objaśnia sposób śpiewania oficjum w Zakonie Franciszkanów. Interesujący jest również zapis muzyczny w notacji chorałowej, umieszczony na pięciolinii, a nie na czterolinii, jak to ma miejsce w typowym zapisie chorałowym.
Nadto, w zbiorze starodruków Biblioteki znajduje się także kilka ksiąg z różnych dziedzin, pochodzących z XVII i XVIII w, oprawionych w rękopiśmienne karty pergaminowe z zapisem muzycznym. Najstarsza wykorzystana do oprawy karta rękopisu na pergaminie pochodzi z przełomu XIII i XIV w., i zawiera typowy zapis muzyczny dla XIII w. ksiąg proweniencji franciszkańskiej.
Zbiory współczesne
Praesent nec iaculis neque, sed molestie nunc. Class aptent taciti sociosqu ad litora torquent per conubia nostra, per inceptos himenaeos. Nulla facilisi. Aenean ante odio, blandit at erat et, bibendum facilisis lectus. Nullam sollicitudin, ante a tincidunt interdum, nulla lectus viverra augue, ac accumsan elit nunc sed dui. Donec porttitor, ligula vel finibus dapibus, massa lacus porta lacus, a molestie est turpis vel purus. Sed faucibus turpis ut tellus placerat faucibus. Nam non imperdiet dolor, eget interdum sapien. Suspendisse nec turpis gravida, rhoncus tellus at, pharetra enim. Phasellus porta eu eros in vehicula. Praesent ex lacus, accumsan nec sem eget, congue aliquet urna. Nullam facilisis leo nec erat pharetra, eu finibus nulla luctus.
Czasopisma
Nunc ut neque eu purus dictum tempus pellentesque ut risus. Pellentesque maximus nisi ut tortor venenatis, nec consequat lorem cursus. Vestibulum ante ipsum primis in faucibus orci luctus et ultrices posuere cubilia Curae; Duis ultricies nulla vitae tortor hendrerit efficitur. Cras et eleifend orci. Praesent efficitur posuere urna, vitae vestibulum felis viverra eget. Fusce ornare gravida magna et porttitor. Nunc commodo hendrerit odio nec pulvinar. Fusce efficitur lorem egestas, viverra augue eget, efficitur ante. Duis maximus gravida quam et tempus. Sed nec vulputate erat, sed mattis erat. Duis sed orci mi. Donec posuere augue in massa accumsan, non imperdiet lacus efficitur. Aliquam mauris sapien, dictum a scelerisque sed, tempor non enim.
Phasellus at mauris viverra, ullamcorper nibh et, laoreet eros. Nunc luctus vulputate quam non dictum. Nullam tempus rhoncus justo in vulputate. Nunc porta, est id elementum suscipit, lectus lorem accumsan nibh, quis fermentum ex elit nec risus. Phasellus quis lobortis nibh. Nunc laoreet massa non nulla posuere lacinia. Praesent non lobortis urna.
Maecenas eget commodo tortor. Pellentesque congue nunc ante, sit amet iaculis eros malesuada id. Phasellus sagittis, metus eget accumsan fermentum, leo orci luctus lectus, et sollicitudin nisl ligula ut purus. Ut blandit elementum vehicula. Quisque pharetra risus ac ante convallis, nec eleifend risus porta. Mauris condimentum massa orci, et porttitor mauris varius quis. Mauris posuere, odio vitae ultricies auctor, ante nisi sollicitudin massa, vitae tempor est enim pretium nibh.